É o setor responsável pelo cadastramento de permissionário e condutor auxiliar, pela confecção de alvará e carteira provisória de permissionários da zona rural; pela fiscalização desse tipo de transporte; pelo gerenciamento de processos, notificações e aplicação de penalidades do transporte coletivo rural; e pelo acolhimento de documentação referente aos processos da Jari Transporte. Nesse setor, o usuário do transporte coletivo da zona rural pode registrar reclamações, sugestões e informações.